По данным следствия, с ноября 2005 по ноябрь 2008 года организованная группа под руководством Кузнецова мошенническим путем приобрела у предприятий ЖКХ права требования задолженностей к городам и районам Московской области. Это право они продали одному из коммерческих банков, местные власти погасили долги, взяв кредиты, а кредит банку был возвращен из бюджета области.
Заочное обвинение Кузнецову в особо крупном мошенничестве и "отмывании" средств было предъявлено Главным следственным управлением СК РФ еще 24 июня 2010 года. 1 октября 2010 года он был объявлен сначала в федеральный, а 25 октября 2010 года - в международный розыск.
Задержанию бывшего высокопоставленного чиновника предшествовали переговоры с Интерполом. В ноябре 2012 года в рамках Генеральной ассамблеи Интерпола в Риме председатель СК России Александр Бастрыкин провел встречу с генсекретарем Интерпола Рональдом Ноублом, где обсуждались вопросы розыска и задержания ряда фигурантов уголовных дел, в том числе Алексея Кузнецова.
В январе этого года прошла встреча главы СК с руководителем национальной полиции Франции, после этого розыск регионального экс-министра был значительно активизирован. 5 июля этого года 50-летний Кузнецов был задержан в Сан-Тропе, на Лазурном берегу Франции, и помещен под арест.
В четверг, 19 декабря, в суде города Экс-ан-Прованс назначено рассмотрение запроса о его экстрадиции на родину.
22 июля замгенпрокурора РФ Александр Звягинцев направил в Минюст Франции запрос о его выдаче. В России следствие наложило арест на его имущество: в том числе восемь участков в Подмосковье, две квартиры в Москве и два автомобиля.
По уголовному делу также проходят: бывший замминистра финансов области Владимир Носов, бывший гендиректор ОАО, учрежденного правительством области, "Московская областная трастовая компания" Владислав Телепнев и экономист ООО "НЭС-Финанс", сестра Кузнецова - Елена.
Расследование в отношении них завершено, они ознакомились с материалами дела, объем которого более 340 томов. На имущество Носова и Елены Кузнецовой также наложен арест.
Фигурантом дела стала и супруга Кузнецова - гражданка США Жанна Булох (в другой транскрипции - Буллок), которая, по данным следствия, являлась фактическим руководителем компании, имевшей десятки дочерних компаний, в том числе фирм-однодневок. Компания занималась строительством, покупкой недвижимости и т.п., но, как считают следователи, фактически через эти фирмы отмывались похищенные деньги.
Булох, а также предпринимателю, бывшему гендиректору Русской инвестиционной группы Дмитрию Котляренко и одному из руководителей Московского залогового банка Алексею Ерошенко ранее также заочно было предъявлено обвинение и они были объявлены в розыск. Во Францию направлен запрос о наложении ареста на недвижимость Булох.
Потерпевшими по делу признаны ряд предприятий ЖКХ Московской области, а также правительство Московской области.
33-летний гражданин Украины и США Котляренко был задержан весной 2009 года на Кипре, куда прибыл из Парижа. В апреле 2011 года он был экстрадирован в Россию, в июле того же года Одинцовский суд Подмосковья приговорил его к трем годам колонии и штрафу в 500 тысяч рублей.
Сам Кузнецов во французском суде утверждал, что был вынужден бежать из России, скрываясь от правосудия, назвав выдвинутые против него обвинения частью "политической игры". Также он подавал прошение об освобождении из-под стражи, но суд ему отказал, посчитав, что он может скрыться.